BMN-488 ist strukturell identisch zu Alexa Fluor® 488 und hat damit auch alle hervorragenden spektralen und photostabilen Eigenschaften dieses Fluoreszenzfarbstoffs. BMN-488 wird optimal mit der 488 nm Laserlinie angeregt und die Fluoreszenz ist pH-unabhängig über einen weiten pH-Bereich. Neben dem identischen Alexa Fluor® 488 können u.a. auch die folgenden spektral ähnlichen Farbstoffe durch BMN-488 ersetzt werden: DyLight® 488, Fluorescein, Fam, Oregon Green 488, Atto 488.
BMN-488 ist eine Mischung aus zwei Isomeren und wird als Azid über kupferkatalysierte Click Chemie an Oligonucleotide mit Alkinlinkern oder über kupferfreie Click Chemie an Oligonucleotide mit Cycloalkinmodifikationen (z.B. DBCO) geknüpft.