Page id: 169

Quencher
 

Ein Quencher ist in der Lage, die von einem Farbstoff abgegebene Fluoreszenz zu löschen, indem er diese Energie aufnimmt und entweder in Form von längerwelligem Licht oder Wärme wieder abgibt. Die "Lösch-Effizienz" ist umso besser, je näher Fluorophor und Quencher räumlich beieinander sind und je besser die Emissionswellenlänge des Fluorophors mit dem Absorptionsmaximum des Quenchers übereinstimmt. 

                         

Abbildung 1: Vergleich der Amplifikationskurven (normalisiert) eines qPCR-Assays mit 5´-6-Fam-markierten Sonden und vier verschiedenen 3´-Quenchern.
In jedem Ansatz wurden die gleichen Primer und die gleiche Sondensequenz eingesetzt. Die Assays wurden in zweifacher Ausführung durchgeführt
(Genaxxon ProbeMasterMix No ROX, MyGo Pro, vorkalibrierter Fam-Kanal).
Im direkten Vergleich zeigen die Quencher (BMN-Q535, BMN-Q620, BHQ-1 und TQ2) nahezu identische Ergebnisse mit dem Fluoreszenzfarbstoff 6-Fam. 


In vielen Real-Time-PCR Assays wurde ursprünglich Tetramethylrhodamin (Tamra) als Quencher verwendet. Da Tamra jedoch selbst ein Fluoreszenzfarbstoff ist, musste daher unter Umständen mit höherer Hintergrundfluoreszenz gerechnet werden. Aus diesem Grund haben sich zunehmend nicht-fluoreszierende Quencher, sogenannte Dark Quencher, durchgesetzt. 

biomers.net bietet eine Auswahl von Dark Quenchern, die nahezu den gesamten Farbstoff-Bereich abdecken:

Farbspektrum mit Quenchbereich verschiedener bei biomers.net erhältlichen Quencher.


BMN Quencher (BMN-Q460, BMN-Q535, BMN-Q590, BMN-Q620, BMN-Q650): Unsere biomers.net Quencher-Serie deckt mit den fünf Quenchern BMN-Q460, BMN-Q535, BMN-Q590, BMN-Q620 und BMN-Q650 den kompletten, für qPCR-Anwendungen relevanten Wellenlängenbereich ab. Die BMN-Quencher werden von biomers.net hergestellt. 
Mit einem Absorptionsmaximum von 460 nm eignet sich unser Dark Quencher BMN-Q460 besonders für den kurzwelligen Bereich und stellt eine hervorragende Alternative für die Quencher Dabcyl und DDQ I dar.
Neben dem Einsatz in Molecular Beacons, bei denen er durch direkten Kontakt Fluoreszenzsignale inhibiert, findet BMN-Q460 in den verschiedensten molekularbiologischen Bereichen Anwendung. Als 3´-Quencher in Dual-Labelled Probes (5´-Nuclease Assay) kann er insbesondere im Bereich von 400-530 nm verwendet werden, sodass er sich bestens für die Fluorophore Atto 390,
Atto 425 und Atto 465 eignet.
BMN-Q535 ist ein Dark Quencher mit einem Absorptionsmaximum bei ca. 535 nm und einem Quenchbereich von etwa 480 nm bis 580 nm. Damit liegt der Quencher im gleichen Bereich wie BHQ-1 und kann als hervorragende Alternative zu diesem Quencher eingesetzt werden. 
BMN-Q590 kann als Quencher für Farbstoffe wie z.B. Tamra, Cyanine 3, Rox oder Cyanine 3.5 verwendet werden. Mit einem Absorptionsmaximum bei 590 nm und einem Quenchbereich von ca. 550-650 nm stellt er eine optimale Alternative zu BHQ-1 dar.
Weitere Vertreter aus der biomers.net Quencher-Serie sind BMN-Q620 und BMN-Q650. Mit einem Absorptionsmaximum bei 620 nm und einem Quenchbereich von 480-720 nm umfasst der Quencher BMN-Q620 einen relativ weiten Bereich und kann für eine Vielzahl von Fluoreszenzfarbstoffen effizient eingesetzt werden.
BMN-Q650 mit einem Absorptionsmaximum bei 650 nm und einem Quenchbereich von 550-720 nm deckt dieser Quencher den längerwelligen Bereich ideal ab und kann als Alternative zu BBQ-650 oder DDQ II genutzt werden.
 

Tide Quencher (TQ2, TQ3): Tide Quencher wurden von AAT Bioquest entwickelt, sind lizenzfrei und zeigen eine ähnlich gute Effizienz wie die Black Hole Quencher. TQ2 (Absorptionsmaximum bei 515 nm) passt perfekt zu 6-Fam und eignet sich auch für Sima, Hex, Tet und Joe. TQ3 mit einem Absorptionsmaximum bei 570 nm quencht Farbstoffe wie Cyanine 3 (Cy3) und Tamra sehr gut, funktioniert aber auch im etwas längerwelligen Bereich für Rox, Texas Red, California Red und Cyanine 3.5 (Cy3.5) gut.
 

Black Hole Quencher (BHQ-1, BHQ-2): Die Black Hole Quencher -Serie wurde von Biosearch Technologies entwickelt; BHQ-1 (Absorptionsmaximum bei ca. 530 nm) für den Bereich von 480 – 580 nm, BHQ-2 (Absorptionsmaximum bei ca. 580 nm) mit einem Quenching Range von 550 – 670 nm. Oligonucleotide mit BHQ-0 bzw. BHQ-3 werden von uns aufgrund der chemischen Labilität der Bausteine nicht angeboten. BHQ-2 ist aber auch für die Kombination mit Cyanine 5 (Cy5) geeignet. 
 

Deep Dark Quencher (DDQ I, DDQ II): Zwei ebenfalls lizenzfreie Quencher, die in der Gruppe von Tom Brown, Southamptom, auf der Basis von Methylrot (DDQ I, Absorptionsmaximum bei  470 nm) bzw. Disperse Blue 3 (DDQ II, Absorptionsmaximum bei 650 nm) entwickelt wurden. 
 

BlackBerry Quencher 650 (BBQ-650): BBQ-650 (Absorptionsmaximum bei 650 nm), entwickelt von Berry & Associates, eignet sich besonders gut für längerwellig absorbierende Farbstoffe (z.B. Cyanine 5, Cyanine 5.5 etc.). 

 

Quencher ABS [nm] Quenching Range
DDQ I 430 400-530
Dabcyl 453 400-530
BMN-Q460 460 400-530
TQ2 520 480-580
BHQ-1 534 480-580
BMN-Q535 535 480-580
TQ3 570 550-650
BHQ-2 580 550-650
BMN-Q590 590 550-650
BMN-Q620 620 480-720
DDQ II 630 550-720
BMN-Q650 650 550-720
BBQ-650 650 550-720