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PCR-Blocker
 

PCR-Blocker

Blocker-Oligos: PCR-Blocker und Modifikationen zur Blockierung des 3´-Endes eines Oligonucleotids


Die gezielte Blockierung einzelner Bestandteile eines Reaktionsansatzes kann ein hilfreiches Mittel bei komplexen Reaktionsabläufen sein. In PCR-Reaktionen oder zur Vermeidung von Konkatemeren-Bildung finden diese gezielten Blockierungen ihren Einsatz. Als sogenannte PCR-Blocker sind die Oligonucleotide in der Lage, mit einer definierten Sequenz die Polymerase während der Elongation zu inhibieren, ohne dabei selbst als Primer an der PCR-Reaktion teilzunehmen. 
Eine weitere Möglichkeit der effizienten Blockierung einer Reaktion stellt der Einsatz von qPCR-Sonden dar. Diese werden aufgrund ihres modifizierten 3´-Terminus in einer PCR-Reaktion nicht weiter verlängert, da die für die Elongation benötigte Hydroxylgruppe fehlt. 

Für verschiedene Anwendungen gibt es oft mehrere funktionale Möglichkeiten, die wir hier in einer Übersicht für Sie zusammengestellt haben:



3'-Spacer C3


Ein schlichter Kohlenstoff-Linker, der auf Grund seiner geringen Größe nachfolgende Anwendungen, wie z.B. die Hybridisierung, unbeeinflusst lässt. 

Ein gutes Beispiel für die bevorzugte Verwendung eines C3-Kohlenstoff Spacers zur Blockierung des 3´-Endes eines Oligos können Sie hier sehen.

3´-Spacer C3


3'-Phosphat


Auf Wunsch können terminale Phosphate an das Oligonucleotid angefügt werden. Hierdurch wird die für viele Reaktionen benötigte Hydroxylgruppe am
3´-Ende ersetzt und weitergehende Reaktionen unterbunden.

 

3´-Phosphat


3'-ddC


Seit Erfindung der Sanger-Sequenzierung sind di-desoxy-Nucleotide weitverbreitet, um die Polymerisation inhibieren zu können. In der Oligosynthese kann allerdings nur ddC angeboten werden, für die übrigen Nucleotide sind im Augenblick keine für die Synthese tauglichen Bausteine verfügbar.

 

di-desoxy-Nucleotide 3´-ddC


3'-Inverted End


Bei dieser Modifikation wird an das 3´-terminale Nucleotid ein weiteres Nucleotid „verkehrt herum“ angefügt. Auf diese Weise endet das Oligonucleotid an beiden Seiten mit einem 5´-Ende. 

Im Vergleich zu den bisher aufgeführten Elongations-Blockern ist diese Modifikation mit einem ganzen Nucleotid eher groß. Aufgrund der geringfügigen Veränderung der Struktur ist bei in vivo Anwendungen aber nicht mit unerwarteten Nebenreaktionen durch molekülfremde Strukturen zu rechnen.
 

inverted end


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